シェーグレン症候群は、「自己免疫疾患」のひとつであることがわかっています。これは、免疫システムに異常がおこり自分自身の正常な組織を攻撃してしまう病気です。さまざまな要因が重なり合って、免疫システムに異常がおこり発症すると考えられていますが、原因は完全には明らかになっていません。

シェーグレン症候群の患者さんは、異常な免疫システムが自分自身の唾液腺と涙腺を攻撃してしまいます。その結果、唾液腺と涙腺に慢性的な炎症がおこり、機能が低下し唾液や涙が出にくくなるのです。